南郭寺古建筑的中心和主体，有殿宇、禅堂、楼轩、亭阁、牌坊等计28座，80余间，占地面积为2.67万平方米，由三座山门自西向东组成西院、中院、东院三个院落。西院是南郭寺的主院，主要包括山门、钟鼓楼、天王殿、大雄宝殿，东西二配殿，东西禅林院以及卧佛殿。卧佛院紧临西禅林院，建有卧佛殿一座，多为恢复的清光绪年间建筑。中院建有关圣殿宇三间，为清乾隆年间建筑。

东院有马房及湫池宫等古建筑，为清末民国初年建筑，具有很高的文物研究价值。现东院新建“二妙轩”诗碑廊一座，位于北流泉以南，碑体总长35.6米，高4.36米，为仿古建筑。古遗迹、遗物。隋塔，隋塔即南郭寺卧佛殿院内的舍利砖塔，据史载，此塔建于隋仁寿二年（公元602年），后由于地震等原因倒塌，现塔基尚存，按常规，塔基下为地宫，藏有舍利。具有极高的历史和考古价值。陀罗尼经幢，为五代十国遗物，现残存三段，是考证南郭寺历史的重要依据。.艺术文化楹联匾额，南郭寺楹联匾额较多，主要有：1西山门门楣上悬挂的全国政协副主席、题写的“南郭寺”大字匾额。2天王殿门额上悬挂的临摹行书“第一山”大字匾额。大雄宝殿门上悬挂的天水名人，当代书画家周兆颐先生所书“应无所住”大字匾额，中门影联是天水诗词学会副会长、《渭滨茵草》诗刊主编张鹏举先生撰写，书法家黎泉先生所书的东土耶、西土耶、古柏灵根不二；风动焉，幡动焉，北流泉水湛然。4卧佛殿悬挂“得大自在”匾额一面，木雕对联一副，均为当代国际著名文学家，国务院学部委员，陕西师大教授，文学研究所所长霍松林先生撰书，由甘肃省著名木雕艺术家吴永昌先生刻制。联曰：“法雨频施，倾听渭水春潮张；佛光普照，卧看秦城瑞气浮。5东院山门门额上悬挂书法家沙孟海先生所书的“南郭寺”三字匾，院内过亭前悬“北流泉”大字匾。6杜少陵祠门庭上悬挂清代秦州知州张题写的“杜少陵祠”竖匾一面，门庭内有忠武将军周务学所书的“满腔孤愤”门额一副。祠堂主体建筑悬挂有霍松林先生题写的“诗史堂”匾额一面，柱上挂有由清代诗人谢威风所撰，著名书法家毛选选楷书对联一副，联曰：陇头圆月吟怀朗；蜀道秋风老洞多。7在邓宝珊将军纪念亭正中悬挂-题写的“邓宝珊将军纪念亭”巨匾。8诗碑，诗碑既是南郭寺的重要风景点，也是南郭寺文化品位的重要体现，位于南郭寺东院新建的“二妙轩”诗碑廊，因集书法名家王羲之、王献之等人的书法与一体，诗妙、字妙故称“二妙”。新建“二妙轩”碑廊时还刻制了近、现代名人王宽、冯国瑞、霍松林的“二妙轩”跋记和重印的“二妙轩”贴序以乃王锋、何绍基、于右任诸大家的秦州文墨宝。宗教艺术能体现南郭寺宗教艺术的塑像较多主要包括天王殿的弥勒佛、0韦驮、四大天王；大雄宝殿内彩绘泥塑的释迦牟尼佛，消灾延寿药佛和阿弥陀佛及迦叶、阿给西弟子、观世音菩萨和大势至菩萨佛像，东配殿供奉铜铸地藏王菩萨坐像一尊，西配殿供奉玉体观世音菩萨像一尊。卧佛殿供奉缅甸玉体卧佛一尊。