由于古日格斯台自然保护区特殊的地理位置和多样丰富的自然资源，为野生动物提供了良好的隐蔽、觅食、栖息和繁殖条件，成为野生动物活动场和避难所，每到繁殖期，有大量的黑鹳、大鸨等珍稀濒危鸟类来这里繁衍生息。经调查确定，保护区内现有脊椎动物66科223种，其中鸟类有165种，兽类有44种，爬行类有5种，两栖类有3种，鱼类6种。其中有国家一级保护动物黑鹤、大鸨、金雕、丹顶鹤4种，有国家二级重点保护动物黑琴鸡、鸿雁、大天鹅、灰鹤、大雁、燕隼、青羊、马鹿、雪兔、狼、草原雕、猞猁等29种，有《国家重点保护脊椎动物名录》中记载的33种，被列为《中国濒危动物红皮书》的有21种，被列为《世界受胁鸟类》的有5种。

自然保护区有丰富的水资源，流径7万多平方公里乌珠穆沁盆地的9条河流，其中有5条主要河流发源于古日格斯台自然保护区。属乌拉盖水系，河流总长度为1123公里，流域面积16396平方公里，年径流量1.1亿立方米。保护区不到1000平方公里的面积涵养着乌珠穆沁盆地70%的河流量，是乌珠穆沁草原人民生产生活的生命线与经济线。

保护区加强各方面的管理工作，建立健全各项规章制度，全面实现了规范化管理。对保护区主要路口及重点保护区域制定了防火宣传及爱护环境的宣传标语；对保护区四至界限埋设界桩。保护区每年利用“3.12”植树节、“4.22”地球日、“6.5”世界环境日等重大环境纪念节日，通过媒体、发放传单等多种形式进行广泛宣传教育活动，以此提高人们的保护环境、爱护环境、建设环境的良好意识。所以，内蒙古古日格斯台自然保护区是集保护、科研、旅游为一体的综合类保护区。、

主要保护对象：

1、保护大兴安岭南部山地北麓森林-草原生态系统及其所包容的物种多样性。

2、保护乌珠穆沁盆地国际重要湿地乌拉盖水系河源湿地生态系统。

3、保护栖息于该生态系统中的野生马鹿（东北亚种）、斑羚、青羊、野猪、猞猁等大型野生动物种群。

4、保护国家重点保护鸟类大鸨、黑鹳、金雕、丹顶鹤、黑琴鸡、红脚隼、黄脚隼、蒙古百灵、兀鹫、蓑羽鹤及其珍稀濒危鸟类的繁殖地。