古日格斯台国家级自然保护区地处大兴安岭南部山地余脉的西麓，位于锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗巴拉嘎尔高勒镇东南部55公里处。自然保护区的南部与赤峰市的塞罕乌拉国家级自然保护区、乌拉坝---石鹏沟自治区级自然保护区相邻，西、东北部分别于西乌旗其他乡镇为界。地理坐标为东经 118度03分45秒—118度48分36秒，北纬44度18分21秒—44度34分52秒，保护区总面积为98931公顷，其中核心区面积43919公顷，占保护区总面积44.4%；缓冲区面积15883公顷，占保护区总面积16.1%；实验区面积39129公顷，占保护区总面积39.5%。保护区内有林地面积为60078.7公顷，占保护区总面积的60.7%；草原35091.8公顷，占保护区总面积的35.5%；湿地3760.5公顷，占保护区总面积的3.8%。

古日格斯台国家级自然保护区是以该自然保护区内的“古日格斯台山”蒙语命名，汉译为“有狍子的山”的意思，该山海拔为1957米，是锡林郭勒盟最高的山。古日格斯台国家级自然保护区成立于1998年，2008年5月，被评为盟级环境教育基地，2012年1月，经国务院办公厅审定为国家级自然保护区，成为锡林郭勒盟境内第一个森林生态系统类国家级自然保护区。自然保护区管理局现有管理人员25人。保护区管理处现设6个科室，分别为办公室、保护科、科研监测科、宣教科、计财科、社区服务中心。下设二个林业公安派出所，2个管理站，7个管护点，3座瞭望台，有专职护林员70名。

古日格斯台自然保护区是大兴安岭南部山地最典型、最完整森林、草原生态系统，处于东亚阔叶林与大兴安岭北部寒温带针叶林、草原与森林双重交汇过渡的典型地带，是连接各大植物系的纽带和桥梁。自然保护区生物类型多样，动植物物种丰富，被称为“植物的王国，动物的乐园”。有森林、沙地-伏沙地复合群落、灌丛、草原、草甸、湿地6大植被类型，包括了10个植被亚型、47个群系组、80个群系。

经实地考察，区内有苔藓植物22科75种，大型真菌植物16科52种，其中可食用真菌有蒙古口蘑、野蘑菇、金针磨、木耳、毛木耳等30余种，药用真菌有大马勃、小马勃、紫马勃、灵芝等10余种；维管植物94科330属654种6变种，有野大豆、草苁蓉、沙芦草、内蒙古大麦草等国家二级保护植物4种；有山丹、芍药、龙胆、沙参等内蒙古自治区重点保护植物20种；有甘草、秦艽、达乌里龙胆、防风、黄芩、远志国家重点保护野生药用植物6种；有猪毛菜、蕨菜、黄花菜、山葱、龙须菜、野韭菜等野菜100余种。