由于黄河横贯青海、甘肃、四川、宁夏、内蒙古、陕西、山西、河南、山东等省（区），黄河文化遗产因分布广、数量多，在系统性保护方面还面临保护区域边界和保护对象模糊不清、遗址遗迹保护乏力、遗产展示方式落后以及文物活化利用途径单一等一些亟待解决的困难和问题。

一是黄河文化遗产保护区域边界有待进一步明确规定。黄河以“善淤、善决、善徙”而著称，向有“三年两决口，百年一改道”之说。据统计，在1946年以前的几千年中，黄河中下游泛滥决口多达1593次，仅较大规模的改道就有26次。历史上黄河下游河道变迁的范围，北到海河，从大沽口入渤海；南达江淮，经淮河入长江。黄河文化遗产保护区范围除今黄河干道流经区域外，还应包括江苏、安徽、河北、北京、天津等黄河曾经流经过的相关地方。此外，今黄河干流流经的甘肃、内蒙古、四川、河南、山东等省部分地区也不属于黄河流域的范畴。如何划分黄河文化遗产保护核心区和辐射区，是当前黄河文化遗产保护工作面临的一个首要问题。

二是黄河文化遗产保护对象也有待进一步明确界定。文化遗产主要包括物质文化遗产和非物质文化遗产。黄河文化遗产保护对象首先应该是河道关津、河泛遗迹、历代治黄史迹、水利工程建筑遗存、水利科技文化遗存以及历代碑刻等与黄河直接相关的水文化遗产。其次为黄河流域内所有与黄河相关的河南偃师二里头遗址、山西襄汾陶寺遗址、陕西神木石峁遗址、山东章丘城子崖遗址等中国史前文明遗址遗迹，郑州、洛阳、西安、开封等古代都城文化遗产，以及中华民族的传统农耕文明、手工业文明、游牧文明，等等。再次为黄河号子、黄河祭祀、河神传说、河洛大鼓、兰州太平鼓、兰州黄河大水车制作技艺、元宵节九曲黄河阵灯俗等非物质文化遗产。黄河流域其他物质和非物质文化遗产是不是应该都列为黄河文化遗产区的保护对象，这也是黄河文化遗产保护工作急需解决的问题。

三是黄河文化遗产保护对象破坏比较严重。由于时代久远、保护意识缺乏、保护措施不到位等方面的原因，有的黄河文化遗址遗迹长期受洪水、地震、风化、冰冻、雨水冲刷等因素的影响而遭到不同程度的破坏。有的文化遗产“建设性破坏”现象比较严重。加上一些地方急功近利，片面追求经济效益，盲目开发，对一些黄河文化遗产本身或生存环境造成严重破坏。比如，有上千年历史的郑州市上街区马固村被整体拆迁，导致一些文化遗产遭到毁灭性破坏。还有的地方在遗址内兴建交通、商业、娱乐和营运等方面的设施，对一些文化遗产或人文环境造成严重污染或直接破坏。此外，文物盗掘和走私活动屡禁不止。由于保护措施不完善，加上一些不法分子利欲熏心，偷盗走私文物的现象依然存在。如邙山墓葬群的墓葬十墓九空。